Rafael A. Martínez è nato a Saragozza (Spagna) il 14 marzo 1957. Sacerdote secolare incardinato nella Prelatura della Santa Croce e Opus Dei. Ha ricevuto l’ordinazione presbiterale dalle mani di Giovanni Paolo II, a Roma, il 25 maggio 1986. Professore ordinario di Filosofia della natura e della scienza. È stato Decano della Facoltà di Filosofia (2008-2016) e Vicerettore Accademico della Pontificia Università della Santa Croce (2016-2020).

Laureato in fisica (Universidad de Barcelona, 1980) e Dottore in Filosofia (Pontificia Università San Tommaso d’Aquino, Roma, 1990), si interessa principalmente degli aspetti storici ed epistemologici dei concetti della scienza e dei loro rapporti con la religione. Nel 1997 ha ricevuto il Science & Religion Course Program Award (John Templeton Foundation). Nel 2001 ha pubblicato, con M. Artigas e W. R. Shea un manoscritto inedito collegato al caso Galileo (“Il manoscritto ACDF, Index, Protocolli, vol. EE, f. 291r-v”, Acta Philosophica 10 (2001) 215–242). È autore, assieme a M. Artigas e Th. F. Glick, di Negotiating Darwin: The Vatican Confronts Evolution 1877-1902 (John Hopkins University Press, Baltimore 2006; versione spagnola, Seis católicos evolucionistas: El Vaticano frente a la evolución 1877-1902, BAC, Madrid 2010). Curatore, con G. Auletta e M. Leclerc, di Biological Evolution: Facts and Theories. A Critical Appraisal 150 Years After “The Origin of Species” (G&B Press, Roma 2011).

È docente invitato presso l'Università de Navarra (Spagna). È stato anche docente invitato presso la Pontificia Università San Tommaso d'Aquino (Angelicum, Roma), l’Università Pontificia Salesiana, l’Istituto di Bioetica dell’Università Cattolica del Sacro Cuore, e la Pontificia Università Antonianum (Roma). Membro del Consiglio Scientifico di Acta Philosophica. Rivista internazionale di Filosofia. Direttore della rivista on-line di filosofia Forum. Supplement to Acta Philosophica.